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天启元年九月，奢崇明叛乱仅第四日，便消弭于无形。
明军以极为迅雷之势镇压了这场土司叛乱，甚至是很多地方刚得知奢崇明叛乱的时候，叛乱就已经被剿灭了。
京营第四步兵师首战告捷，战果也陆续统计了出来。
河谷中的激战，一共斩杀叛军5300余人。明军共俘虏叛军士兵4600余人。
朱燮元在成都接到圣旨，莫名其妙的就成了四川巡抚。
接着原四川巡抚徐可求就被叛军给一锅端了，奢崇明的叛变让朱燮元收到消息后，连忙从四川各地抽调兵马直扑重庆。
可各路兵马走到半路，又收到消息称，奢崇明已于重庆败亡，被明军用鸟铳当场击死。
“这……”朱燮元看着秦良玉发来的战报，沉吟了半响说不出话来。奢崇明叛乱前后，很多事情都太蹊跷了。
先是皇帝把徐可求给撤了，徐可求又作死跑去观看奢崇明演武，然后奢崇明叛乱。可在此之前，皇帝不仅急匆匆的将秦良玉调入重庆布防，还提前两个月把京营调入四川。
结果奢崇明刚刚叛乱三天，京营就从背后捅了奢崇明的菊花，迅速将奢崇明所部叛军镇压了下去。
很明显，皇帝编织了一张大网，笼罩在了奢崇明头上。
“应该是奢崇明滞留重庆太久，天子看出了他心有反意。”朱燮元猜测道，这个说法倒是可以说得通。
毕竟一个土司滞留重庆那么久，明显是有问题的，也就是徐可求傻乎乎的以为能把奢崇明送走。
奢崇明被击死，其子奢寅被俘。但是这场战争并未结束，因为永宁宣抚司还有奢崇明的兵马。
朱燮元随即命令各地抽调而来的兵马，调转方向进攻永宁宣抚司，彻底铲除叛军余孽。同时上奏请示天子，如何处置永宁宣抚司的问题。
奏章快马送到了京城。朱由校收到奏章，很干脆的进行了批复，废永宁宣抚司，设道府治理其地。
明代还是有很多土司的。这些土司拥有地方管理权。
一般情况下这些土司作乱被镇压之后，都会收回管理权，进行区域性的改土归流。
奢崇明被快速镇压下去，没有给四川造成什么动乱，还是让朱由校十分高兴的。于是对孙传庭命令道：“内帑马上调拨二十万元。孙爱卿你拟个方案，奖励一下有功将士。另外让丁茂新先驻守重庆，以震慑西南土司。”
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