吕宋群岛，此时已经被纳入大明的管辖。因为有了扩张经验，在攻打吕宋的时候，行政官员就已经在台湾准备好了。
西班牙人战败了，吕宋群岛已经被大明全面接管。大明的行政官员也到了吕宋群岛，并开始着手摧毁土著的统治结构。当然饭要一口一口的吃，和多岛屿目前还是要靠土著进行管理的。不过在吕宋本岛上，这样的政策是率先实行的，即将原本的土著统治者一脚踹开，由大明官府直接管理土著。同时再辅以一些土著或者在吕宋生活的汉人对土著进行沟通。
为了保护汉人在吕宋岛的安全，不被土著侵害。大明官府开始在吕宋行政后，立即出台了严格的刑法，那些对汉人进行犯罪的土著都将进行严惩。同时就是让军方进行配合，在各地进行驻军，一边保护汉人安全，一边对土著手中的杀伤性武器进行严格管制。弓弩、火器是土著不可持有的，同时进剿那些不服管教的土著势力。
不服管教的土著肯定是有的，特别是大明官方直接对吕宋进行行政，而不是通过土著统治者出面。不过那些土著的反抗并不能动摇大明对吕宋的统治地位，这无关德行。而是力量上就碾压了。
土著没文化，没有生产力，还很懒惰。大明要想镇压那些作乱的土著，只要投入兵力进行剿灭，只要那些土著不是一味的进行游击战，剿灭起来还是比较容易的。不过土著没什么文化，他们在游击战方面并没有完整的理论。
这是文明高度的碾压。
德行、势力、智慧，这是古人总结出的决定战争胜利的三大要素，然而土著不管是在德行还是势力，或者是智慧上都比大明要差太多了。所以不管这些土著如何反抗，他们注定是胳膊拧不过大腿。
当然，此时大明在对外扩张过程中，朱由校已经明确要求不可进行屠杀、奸（和谐）淫、抢劫平民等有损阴德的行为。
但对于那些反抗大明统治的土著，那就不一样了。这个世界本就是弱肉强食。剿灭那些不服从统治的土著并不会有损阴德。
所以那些反抗大明统治的土著，注定是要被大明给消灭的。他们的装备和军事素质都太差，在大明的正规军面前根本不堪一击。而且这些土著也不团结，并且很容易收买。还很懒惰。
朱由校派来的调查组，因为路上碰上了不良海况，逗留在台湾大半个月才启程前往吕宋。
到达的时候已经是农历七月下旬了。
调查组到达后，随即对万历年间汉人遭到屠杀的事件进行了相关的调查...